שמן מנוקה הינו פעיל כנגד מגוון רחב של מיקרו אורגניזמים הגורמים לגירויים וזיהומים של העור והגוף. שמן מנוקה הראה פעילות סלקטיבית חזקה כנגד חיידקי גראם ובכללם סטפילוקוקוס, סטרפטוקוקוס ואנטרוקוקוס. שמן מנוקה הראה פעילות חזקה כנגד פטריות עור נפוצות כגון אלו האחראיות לפטרת הרגליים וגזזת.